Daftar Ekstrakurikuler MAN 3 Cilacap
Kelompok Seni dan Bahasa
1. Rohis
2. Kenthongan
3. Marching Band
4. English Club
Kelompok Life & Skills
1. Tata Rias
2. Kewirausahaan
3. Tata Busana
Kelompok Sains & Teknologi
1. Karya Ilmiah Remaja
2. Jurnalistik & Multimedia
Kelompok Olahraga
1. Pramuka
2. Bola Voli
3. Pencak Silat
4. Badminton
5. Futsal
6. PMR