MAN 3 Cilacap yang dulunya dikenal dengan MAN Kroya merupakan salah satu Madrasah Aliyah Negeri di Kabupaten Cilacap yang memiliki program unggulan seperti Research (Penelitian Ilmiah), Boarding School (Asrama), Tahfidz Quran (Menghafal Quran), dan Leader Class (Kelas Unggulan).

MAN 3 Cilacap terletak di Jalan Cimanuk No.09 Karangmangu, Kecamatan Kroya, Kabupaten Cilacap.