Makna Logo MAN 3 Cilacap
- Segi Lima melambangkan Pancasila dan Rukun Islam sebagai dasar dan pedoman berperilaku
- Lingkaran Putih melambangkan Cakrawala ebagai tempat tinggal makhluk hidup
- Bunga Berkelopak Tiga melambangkan ilmu pengetahuan sebagai rahmatan lil ‘alamin dengan jumlah kelopak menandakan identitas MAN 3
- Ilustrasi Masjid dan Menara; pada dua Menara yaitu huruf M dan huruf N melambangkan sikap tawazun, sedangkan huruf A bermakna kearifan local dengan memelihara nilai-nilai tradisi leluhur yang baik melalui berbagai kegiatan ilmiah sesuai dengan disiplin ilmu yang diperlukan dan siap merespon kebaruan yang lebih baik dengan semangat “Almukhafadhatu ‘ala qadimisshalikh wal akhdu biljadidil aslakh“
- Buku dan Pena Bulu; pada buku melambangkan sumber ilmu, sedangkan pena artinya symbol kreatifitas
- Tiga Gelombang Air melambangkan semboyan “ing ngarso ung tulodho, ing madyo mangun karso, tut wuri handayani“
- Latar Warna Kuning melambangkan kemakmuran dengan menyelenggarakan Pendidikan
- Teks Madrasah Aliyah Negeri 3 berupa identitas kelembagaan
- Teks Cilacap merupakan identitas daerah